d99fbffd6e4c0deeefeede8ff1ea3cac7597812c,src/tracks/TrackCoverage.java,TrackCoverage,update,#,68
Before Change
samLocIter.setSamFilters(this.getSamRecordFilter());
Iterator<samTextViewer.SamLocusIterator.LocusInfo> iter= samLocIter.iterator();
for(int i= 0; i < this.getGc().getMapping().size(); i++){
this.screenLocusInfoList.add(new ScreenLocusInfo());
}
After Change
Iterator<samTextViewer.SamLocusIterator.LocusInfo> iter= samLocIter.iterator();
int userWindowSize= this.getGc().getUserWindowSize();
for(int i= 0; i < this.getGc().getMapping(userWindowSize).size(); i++){
this.screenLocusInfoList.add(new ScreenLocusInfo());
}
while(iter.hasNext()){
samTextViewer.SamLocusIterator.LocusInfo locusInfo= iter.next();
int screenPos= Utils.getIndexOfclosestValue(locusInfo.getPosition(), this.getGc().getMapping(userWindowSize));
byte refBase= '\0';
if(this.getGc().getRefSeq() != null){
refBase= this.getGc().getRefSeq()[screenPos];