d99fbffd6e4c0deeefeede8ff1ea3cac7597812c,src/tracks/TrackCoverage.java,TrackCoverage,update,#,68

Before Change


			samLocIter.setSamFilters(this.getSamRecordFilter());
			Iterator<samTextViewer.SamLocusIterator.LocusInfo> iter= samLocIter.iterator();
		
			for(int i= 0; i < this.getGc().getMapping().size(); i++){
				this.screenLocusInfoList.add(new ScreenLocusInfo());	
			}
		

After Change


			Iterator<samTextViewer.SamLocusIterator.LocusInfo> iter= samLocIter.iterator();
		
			
			int userWindowSize= this.getGc().getUserWindowSize();
			
			for(int i= 0; i < this.getGc().getMapping(userWindowSize).size(); i++){
				this.screenLocusInfoList.add(new ScreenLocusInfo());	
			}
			
			while(iter.hasNext()){
				samTextViewer.SamLocusIterator.LocusInfo locusInfo= iter.next();
				int screenPos= Utils.getIndexOfclosestValue(locusInfo.getPosition(), this.getGc().getMapping(userWindowSize));
				byte refBase= '\0';
				if(this.getGc().getRefSeq() != null){
					refBase= this.getGc().getRefSeq()[screenPos];